Về hình dáng, mèo cộc đuôi Kuril và mèo cộc đuôi Nhật Bản khá giống nhau (mèo cộc đuôi Nhật thì có thân hình mảnh mai hơn và nhiều góc cạnh hơn)[1][15], tuy nhiên mèo cộc đuôi Kuril dường như không có quan hệ họ hàng gần với mèo cộc đuôi Nhật Bản. Cụ thể, mèo cộc đuôi Kuril có nguồn gốc từ nòi mèo cộc đuôi Kareliya sinh sống ở Phần Lan và vùng Tây Bắc nước Nga. Những nghiên cứu về di truyền có thể xác minh mối quan hệ của mèo cộc đuôi Kuril với các nòi khác. Giống như mèo cộc đuôi Nhật Bản và mèo đảo Man vốn hình thành một cách độc lập trên những vùng đảo phần nào bị cô lập với đại lục về mặt địa lý, mèo cộc đuôi Kuril có thể hình thành một cách độc lập thông qua đột biến và sau đó trở nên phổ biến trong khu vực Kuril và Sakhalin vì sự hạn chế về đa dạng di truyền của địa sinh học đảo (một ví dụ về hiệu ứng kẻ sáng lập ở cấp độ dưới loài của đường cong khu vực-loài). Bản chất của gien đột biến tạo ra kiểu hình cộc đuôi vẫn chưa được tỏ tường, và vẫn có ý kiến cho rằng việc phối giống giữa mèo cộc đuôi Kuril với các cá thể mèo ở Nhật Bản (trong thời kỳ người Nhật còn định cư ở đây) đã hình thành nên giống mèo cộc đuôi Nhật[6].

Do hình thành trên một khu vực cô lập về địa lý suốt một thời gian dài, mèo cộc đuôi Kuril được xếp vào nhóm "mèo tự nhiên", tức là sự hình thành của nó không có quá trình can thiệp của con người.[6] Trên thực tế, rất có thể mèo cộc đuôi Kuril đã sống "hoang dã" suốt một thời gian dài trước khi được thuần hóa. Nó là một trong 13 nòi tự nhiên theo tiêu chuẩn xếp loại của TICA[2].